혼자서 가래뱉듯 반복하면 빠지기도 하지만 통상적으로 혼자서 빼는 건 제법 어려운 편이다. 입에 손이나 도구를 넣어서 빼는 경우 편도선 자체가 연약한 조직이기 때문에 잘못 스치면 출혈을 동반할 수 있고, 헛구역질 때문에 제대로 빼내기도 힘들다. 어떻게 해도 안빠지는 경우 이비인후과에서 제거받을 수 있다. 이비인후과도 관련 설비가 있어야 제거해준다. 설비가 없을 경우 다른 병원으로 가야 한다.
병원에서 제거하는 것도 고역인데, 깊이 박혀있는 경우 설압자(병원에서 혀를 누르는 자모양의 도구) 두 개로 짜내거나, 스프레이 형태의 마취 후 절제하여 꺼내는 방법을 사용한다. 둘 다 해당 부위에 상처가 생기긴 한다.
병원마다 치료법이 다른 편이다. 내시경을 통해 위치를 확인해가며 내부에 상처가 최대한 안나게 가는 봉으로 편도소와에 들어가있는 결석들을 빼내는 종류가 있는가 하면,[3] 부분 마취 후 마사지 방식으로 빼내는 경우가 있는데 거부반응이 심한 경우 엄청나게 고역이다.
편도결석이 생기는 사람은 평소 잦은 가글과 양치를 통해 결석의 성장속도를 늦출 수는 있으나 아예 안생기게 할 순 없고, 편도소와를 막아버리는 수술의 경우에도 재발 확률이 높다. 가장 확실한 해결책은 역시 편도제거 수술인데, 보통 편도결석 때문에 이 수술을 받는 일은 거의 없지만 편도결석은 만성 편도선염 환자들에게 웬만하면 따라붙는 증상 중 하나이기 때문에 편도결석으로 병원을 찾아왔다가 만성 편도염을 진단받고 절제술을 받게 되는 경우도 많다. 편도결석이야말로 편도선의 면역기능이 발현되는 증거라고 주장하며 편도절제술을 반대하는 사람들도 있지만, 편도선의 면역기능론은 학술적으로 확실하게 증명된 주장이 아니다.