좀 더 복잡하고 다양한 기능을 위해서는 Intent 활용해야하나 말씀하시는 내용만 보면 커스텀 URL 스키마를 쓰는 방법이 있습니다.
하지만 해당 네이트브 앱의 커스텀 URL 스키마를 알고 접근하시면 가능합니다.
웹페이지나 다른 네이티브 앱에서 커스텀 URL 스키마를 호출하면 해당 앱이 실행되게 됩니다.
예를 들어, 카카오톡을 설치하면 kakakolink://라는 커스텀 URL 스키마가 추가되므로 웹에서 다음과 같이 작성된 링크를 클릭하면 카카오톡을 실행시킬 수 있습니다.
<a href="kakaolink://">카카오톡 실행</a>
JavaScript 내에서도 당연 적용 가능하시니 적용해보셔도 되겠습니다.