질문자님 말씀처럼 본인은 육군 만기 제대, 두 아들도 만기 제대, 부친은 6·25 참전용사이시라면 국가보훈 대상 요건에서 꽤 우선순위가 높은 편입니다. 형이 보충역이라 하더라도 본인의 복무 이력과 가족 내 병역 성실도는 충분히 높기 때문에 불이익보단 긍정 평가 가능성이 높습니다.
다만, 특정 제도에 따라 가산점 반영 기준이 다를 수 있어서 자세한 조건은 보훈청에 문의하시는 게 가장 확실합니다.
형이 보충역 출신이라는 이유만으로 본인의 병역 명예선정이나 관련 혜택에서 자동으로 불이익을 받는 것은 아닙니다. 병무청이나 보훈처의 선정 기준은 본인의 병역 이행 여부와 직계 가족의 병역 이행 전체를 종합적으로 고려하며, 형제 중 일부가 보충역이라도 다른 가족이 현역 복무를 성실히 마쳤다면 불이익이 반드시 발생하는 것은 아닙니다. 다만, 특정 혜택이나 선정 기준에 따라 가산점이나 우선순위에 영향을 줄 수는 있으므로, 해당 제도별 세부 기준을 확인하는 것이 좋습니다. 케이스바이케이스니까요