새마을금고의 경우에는 예금보험공사에 의해서 예금자보호가 이루어지는 것은 아니지만 새마을금고 중앙회에서 '예금자보호기금'을 조성하여서 운용하고 있습니다. 이 기금을 통해서 예금보험공사가 제공하는 것과 동일하게 원금과 이자를 합산하여 최대 5천만원까지 예금자 보호금액을 지급하게 됩니다.
현재 예금자보호법에 의해 보호되는 상품은 은행의 예금, 외화예금, 적금, 부금, 표지어음, 원금보장형신탁, 증권사의 고객예탁금, 보험사의 개인보험 ,퇴직보험 및 종합금융사의 발행어음 등입니다. CD(양도성예금증서)나 RP(환매조건부채권), 실적배당형 신탁상품, 수익증권, 청약자예수금, 등은 보호받지 못한다. 한편, 새마을금고, 신용협동조합은 예금보험 대신 자체 조성 기금을 통해 예금자를 보호합니다.