결론부터 말씀드리면 한국은행에서 재발행합니다.
개인적인 경험인데, 예전에 한국은행에 찢어진 돈을 퍼즐처럼 맞춰서 간 일이 있습니다. (제가 퍼즐동호회원이었거든요)
원래 화폐를 훼손하는 행위는 중범죄에 해당합니다. 물가에 영형을 주기 때문이죠. 하지만 태풍과 같이 불가항력적 일이 발생하는 경우는 범죄에 해당하지 않으며, 한국은행에서 교체해 줍니다. 단 훼손 정도에 따라 차이는 있습니다. 75퍼센트 이상 남은 경우는 100퍼센트, 75퍼센트 이하의 경우 50퍼센트 식으로 한국은행이 바꿔줍니다.