색맹은 눈에 들어있는 색소에 문제가 생겨 발생합니다. 망막(눈의 뒤쪽)에는 빛에 반응하는 간상체와 추상체라고 하는 세포가 있습니다. 간상체에는 서로 다른 파장의 빛에 반응하는 안료(광색소)가 있습니다. 모든 추상체가 안료를 올바르게 함유하고 있다면 시력이 정상적이지만, 하나라도 이상이 있게 되면 특정 색을 제대로 구별하지 못할 수 있습니다.
추상체에 색소가 전혀 없을 때를 완전 색맹이라고 하며 이 경우 색을 전혀 분간할 수 없는데, 이는 드문 경우입니다. 녹색 광색소가 제대로 기능하지 않으면 적/녹 색맹일 수 있습니다. 즉 적색, 갈색, 녹색 및 주황색을 구분하는 것이 어려울 수 있습니다.