소장은 위에서 내려온 음식물을 소화 효소와 섞어 영양분을 흡수하기 쉬운 형태로 분해하고, 분해된 탄수화물과 단백질, 지방 등의 다량 영양소와 미네랄, 비타민 등 미량 영양소, 그리고 대부분의 수분을 흡수하여 혈액과 림프로 보내는 역할을 합니다. 또한 소장 점액은 위에서 내려오는 산성 내용물로부터 소장을 보호하고, 면역 글로불린을 분비하여 감염에 대한 방어 작용도 합니다.
대장은 소장에서 흡수되지 않고 넘어온 음식물 찌꺼기에서 남은 수분과 전해질을 흡수하여 대변으로 만들어 몸 밖으로 배출하는 역할을 합니다. 이 과정에서 장내 미생물은 소화되지 않은 다당류를 발효시켜 단쇄지방산을 생성하기도 합니다. 또한 장내 미생물 활동을 통해 비타민 K, 비오틴, 엽산, 판토텐산 등의 비타민을 합성하기도 합니다.
직장은 대장에서 만들어진 대변을 항문으로 배출하기 전에 일시적으로 저장하는 역할을 합니다.