황건적의 난은 한나라 정치에 결정적 타격을 주었습니다. 황건적의 난을 진압하기 위해 후한 정부는 각지의 지방관과 군벌, 의용군에게 군사권을 위임했습니다. 이로 인해 지방 세력이 급성장하고 중앙 정부의 세력이 약화되었습니다.
난을 진압한 이후에도 각지의 군벌과 장수들이 독자적으로 세력을 키워 이후 동탁, 원소, 조조 등 군웅이 할거하는 삼국시대의 토대가 마련되었습니다. 황건적의 난으로 인구가 급감하고, 경작지가 황폐화되어 경제력이 크게 손상되었습니다.