프리랜서처럼 3.3%의 원천징수세율로 떼인 사업소득의 형태로 급여를 지급받으셨을 경우 해당 소득에 대해 반드시 다음 해 5월 말까지 타소득과 합산하여 직접 신고하셔야만 합니다. 이 기간에, "한 해동안 최종적으로 확정된 한 해 동안의 총 소득금액에 대해 발생하는 종합소득세액"과 "3.3%로 떼였던 세액"을 비교하여 그 차액만큼 전자가 클 경우 추가납부세액이, 후자가 클 경우 환급세액이 발생할 것입니다.
세무서에서는 추계신고(장부 작성 안하고 신고)로 간주하고 환급세액 혹은 납부세액을 고지한 것으로 보여집니다. 질문자님의 세무대리인도 장부작성이 아닌, 추계신고로 신고한 것으로 보여집니다. 만약, 실제 필요경비가 적어 추계신고가 유리할 경우, 세무사에게 맡기지 않고 본인이 스스로 신고하셔도 관계 없습니다.