소화제를 자주 먹는다고 해서 내성이 생기는 건 아니다. 하지만 몸에서 소화효소를 만들어내지 않으려 할 수도 있다. 소화제 가운데 소화효소가 든 약(주로 일반의약품)을 장기간 먹으면 몸에서 소화액을 만들어내려는 자생 능력을 떨어뜨려 몸에서 분비하는 소화액이 줄어들 수 있다. 또 위 운동력을 향상하는 약(전문의약품)도 오래 먹으면 파킨슨병 같은 신경계 질환 발생 위험을 높일 수 있다.
모든 종류의 약물은 내성이 발생할 가능성을 가지고 있습니다. 그렇지만 일반적으로 소화제 종류 약물은 내성이 발생을 가능성이 매우 드뭅니다. 약물 복용 없이도 소화가 가능한 상황이였더라도 소화제 약물을 복용하면 소화를 더 촉진해줄 수 있는 효과가 있으며, 해당 약물을 복용하였다고 하여서 특별히 문제될 것은 없습니다. 그렇지만 아무래도 약물은 최대한 남용하지 않고 최대한 불필요한 복용은 하지 않는 것이 바람직합니다.