안녕하세요. 질의에 대한 답변입니다.
소득을 지급하는 자는 원천징수의무가 있으며, 지급한 소득에 대하여 과세관청에 지급명세서를 제출할 의무도 있으므로 소득을 지급한 자가 지급명세서를 제출하였다면 과세관청에 모든 소득이 집계되었을 것입니다.
질의의 경우 근로소득 이외의 소득이 있음에도 합산하여 종합소득세를 신고하지 않은 것으로 판단됩니다만, 프리랜서 소득을 사업소득으로 원천징수하였다면 소득을 지급하는 자는 지급액의 3.3%를 원천징수하여 납부하였을 것입니다.
한편, 근로소득과 사업소득이 있는 경우 합산하여 종합소득세를 신고하는 경우 사업소득의 경비율을 고려하더라도 부담세율이 원천징수된 3.3%보다는 높을 것입니다. 따라서 종합소득세를 신고하지 않았다면 관할세무서에서 사업소득을 합산하여 소득세를 재계산하여 추징세액을 통지하였을 것이고, 과소납부에 따른 납부불성실가산세와 신고불성실가산세도 추가되었을 것입니다.