바이칼호수의 물이 물 중에서 가장 맑다기 보다는 호수 중에서 가장 맑은물은 맞습니다. 바이칼호에는 플랑크톤과 특정 종류의 미세생물이 살고 있는데 이 생물들이 유기물과 불순물을 정화하는 역할을 하며 작은 동물성 플랑크톤이 수질 정화에 큰 역할을 합니다. 이 미생물은 박테리아와 부유물을 먹으면서 물을 깨끗하게 유지하게 해 줍니다. 바이칼호수는 연중 대부분의 시간이 차가운 수온을 유지하며 조류나 박테리아 번식이 어려운 조건이며 니는 물이 탁해지는 것을 방지하고 부패를 억제합니다. 바이칼호수는 깊이가 세계에거 가장 깊은 호수이며 산소가 잘 공급되어 염기성 박테리아가 거의 없습니다.