세금계산서를 역발행한다는 것은 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 공급받는 자가 세금계산서 발급하는 형식을 취하는 것으로 공급자가 세금계산서 발급내용을 확인하고 승인하는 것입니다. 이와 같이 공급받는 자가 세금계산서를 발급하는 형태를 취한다고 하더라도 세금계산서 발급에 대한 책임은 공급자에게 있으며, 세무상 문제가 있는 방식은 아닙니다.
일반적으로 세금계산서는 매출자가 발행을 합니다. 역발행세금계산서는 정산시스템 또는 내부적인 상황으로 인하여 매입자가 매출자를 대신하여 세금계산서를 발행하는 제도를 말합니다. 역발행세금계산서도 매출자가 승인을 해야 발행이 되는 것이기 때문에 위험은 없습니다. 실무적으로도 많이 활용됩니다.
역발행세금계산서는 홈택스에서 발급이 불가능한 것으로 알고 있습니다. 이는 사설 세무프로그램을 통해 가능한 것입니다. 따라서 여건이 되지 않는다면 매출자가 기존대로 발행을 해야 합니다.