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짙푸른보석새82

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primer 제작 후 QC 할 수 있는 사이트 몇군데 추천해주세요.

primer를 디자인하는 연습중인데요, 시퀀스를 다 짠 후에 TM이나 GC 비율, secondary structure 형성 여부 등을 판단할 수 있는 사이트 몇군데를 추천해주시면 감사하겠습니다.

2개의 답변이 있어요!

  • 안근호 박사

    안근호 박사

    고려대학교

    ∙

    안녕하세요. 안근호 박사입니다.

    Primer의 경우 QC는 reference sequence가 많은 곳이 좋기 때문에

    많은 사이트를 경험해보시는 것 보다는 보편적으로 많이 사용하는 사이트에서 여러 기능을 사용하실 수 있게

    조작을 해보시는 것을 추천 드립니다.

    https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

    보통 위 사이트인 NCBI의 Primer-blast를 많이들 사용하니 해당 사이트에서 제작 및 QC를 진행 해 보시고

    사용법 등 필요한 정보들도 이미 많이 공유되어 있으니 참고하셔서 디자인 하시면

    실험에 문제 없으실 것 같습니다.

    화이팅 입니다

  • 이은수 수의사

    이은수 수의사

    프리랜서

    ∙

    프라이머 QC를 위해 IDT OligoAnalyzer는 TM, GC 비율, 2차 구조를 분석하는 데 유용하며, Primer3는 프라이머 설계와 검증을 함께 제공합니다. ThermoFisher의 Multiple Primer Analyzer는 프라이머 간 상호작용과 비특이적 결합 가능성을 평가할 수 있고, NCBI Primer-BLAST는 프라이머 특이성과 비특이적 결합 여부를 확인합니다. SnapGene은 설계와 QC를 소프트웨어 내에서 간편하게 처리할 수 있어 편리합니다.