콘드로이친은 주로 갑각류에서 추출하는 경우가 많기에 갑각류 알러지가 있는 분들은 복용하고 이상반응이 나타날 수 있습니다 또한 콘드로이친 섭취 시 복부에 가스가 차거나, 대변이 물러지는 등 위장관련 증상을 나타낼 수도 있으며, 출혈성 질환이나 항혈전제 등을 섭취하는 분들은 과도하게 지혈이 되지 않게 할 수도 있으니 이런 점들을 주의하시는 것이 좋습니다.
다만 위에 설명드린 내용은 그 부작용의 정도가 심한 편은 아니기에 보통의 경우 특별한 문제가 되지 않을 가능성이 더욱 높습니다.