물품대금과 수입통관비용 청구 시 세금계산서 발행여부

안녕하세요.

외국에서 수입해온 물품을 국내업체에게 판매 시, 수입에 소요된 통관비용까지 국내업체에 청구하기로 하였습니다.

통관비용에 대해 세금계산서를 발행하려고 하는데 통관비용 중 항공운송료 등등 영세율세금계산서가 끊긴 내역도 있어서 영세율세금계산서 끊긴 내역까지 부가세를 포함하여 세금계산서를 발행해야하는지 궁금합니다.

아니면 부가세가 포함된 내역들만 세금계산서를 발급하고 나머지 비용은 청구서로 대체해도 되나요?