물 여과기는 크게 물리적 여과와 화학적 여과 두 방식으로 작동합니다. 물리적 여과는 모래 등 필터 매체로 물속 이물질을 걸러내고, 화학적 여과는 활성탄 등을 이용해 유기물이나 염소 같은 용해 물질을 흡착하여 제거합니다. 대부분의 수처리 시스템은 이 두가지 방식을 조합하여 물을 정화합니다.
물 여과기는 임펠러 (전기 모터)를 이용해서 물을 빨아들여 여과재를 통과 시켜 불순물과 이물질을 제거한 뒤 깨끗한 물을 배출 하는 방식으로 작동됩니다. 일반적으로 수영장 같은 큰 규모는 화화적 여과 공정도 사용되고 있으나 기본적인 여과 원리는 물의 순환과 여과재를 활용한 물리적 및 생물학적 여과방식을 주로 사용합니다.