사람의 전체 DNA는 매우 길지만, 실험에서는 특정 반복 구간(STR)만 복제하거나 잘라서 사용합니다.
그런데, 이 특정 구간은 사람마다 일부 서열이 반복되는 횟수가 달라 DNA 조각의 길이가 제각각이죠. 그렇다보니 전기영동 시, 짧은 DNA 조각은 젤 속 구멍을 빠르게 통과해 멀리 이동하고 긴 조각은 적게 이동하는 것입니다.
그런데 자녀는 부모로부터 DNA를 절반씩 물려받으므로, 자녀가 가진 DNA 조각의 길이는 부모의 것과 일치하게 됩니다. 즉, 전기영동 결과 나타나는 자녀의 띠 위치 중 하나는 반드시 아버지와 같은 위치에 있어야 하는 것이죠.
만약 여러 지점을 검사했는데 자녀의 띠 위치가 부모와 전혀 맞지 않는다면 친자가 아니라는 뜻이죠.
결론적으로 DNA 길이는 반복 서열의 차이를 의미하며, 이것이 유전되기 때문에 친자 확인이 가능한 것입니다.
또 곤약(한천)의 구멍은 이 길이 차이를 시각적으로 분리해 주는 거름망 역할을 하는데, 실험에서 본 띠의 위치가 같다는 것은 그 조각의 염기서열 반복 횟수(길이)가 같다는 뜻이 됩니다.