일단 무료입니다.
가장 큰 이점이라고 할 수 있습니다.
하지만 말씀하신것처럼 마냥 무료이기에 쓰기엔 다시 배워야하고, OS가 다름으로 생기는 문제를 해결하는데 들어가는 기회비용도 만만치 않습니다.
다만 리눅스를 사용하는 이유는 대체로 다음 이유로 사용하는것 같습니다.
저는 그 중에서 "체계적이고 개발자 편의적으로 구성된 시스템"이 가장 큰 비중을 차지한다고 생각합니다.
특히 CLI, 내장 컴파일러와 라이브러리, 모든것을 파일로 관리하기 때문에 개발자 입장에서 개발하기가 용이한것 같습니다.
또한 리눅스가 말씀하신것처럼 불안정한것은 아닙니다.
서버로 쓰고 있는 대표적인 이유중 하나도 리눅스 시스템의 안정성 때문이기도 합니다.
24시간 365일 내내 돌아가야 하는데에 비해 윈도우즈의 경우 가만히 둬도 문제가 생기는 경우가 왕왕있죠
커스텀의 경우에도 리눅스 소스 자체가 공개되어있어 리눅스 커널을 새로 빌드해서 올릴 수 있습니다.
커널 뿐만 아니라 윈도우 시스템, 기타 자주 사용하는 프로그램들 조차도 대부분 소스가 공개되어있습니다.
상용 소프트웨어인 윈도우즈와는 비교 하는것 자체가 불가능합니다.