학문
NGS와 기존 염기서열분석법의 차이점은?
NGS는 기존의 염기서열분석법보다 한번에 읽는 뉴클레오티드 수를 훨씬 줄이고, 대량 읽는다고 하던데 그렇다면 짧은 뉴클레오티드 단편 간의 연결은 어떻게 할 수 있나요?
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안녕하세요. 김경태 과학전문가입니다.
NGS는 기존의 염기서열분석법보다 훨씬 빠르고 정확하게 대량의 DNA 염기서열을 분석할 수 있는 기술입니다. NGS는 DNA 염기서열을 작은 단편으로 잘라서 읽게 되는데, 이를 단편 분석이라고 합니다. 이 때, 짧은 뉴클레오티드 단편 간의 연결은 다음과 같은 방법으로 할 수 있습니다.
De novo assembly: 단편 분석을 통해 얻은 염기서열을 서로 겹쳐서 원래 DNA 염기서열로 재조합하는 방법입니다. 이를 위해서는 일정한 길이 이상의 단편이 필요하며, 단편의 길이가 짧을수록 원래 DNA 염기서열을 재조합하는 것이 어렵습니다.
Reference-based assembly: 단편 분석을 통해 얻은 염기서열을 이미 알려진 DNA 염기서열과 비교하여 재조합하는 방법입니다. 이를 위해서는 일정한 길이 이상의 단편이 필요하며, 단편의 길이가 짧을수록 원래 DNA 염기서열을 정확하게 재조합하는 것이 어렵습니다.
Hybrid assembly: De novo assembly와 Reference-based assembly를 결합한 방법입니다. 이를 위해서는 일정한 길이 이상의 단편이 필요하며, 단편의 길이가 짧을수록 원래 DNA 염기서열을 재조합하는 것이 어렵습니다.