남생이는 다른 민물거북보다 물살이 잔잔하고 얕은 개울이나 연못을 선호하는 이유는 몸 구조가 빠른 물살에 적응되지 않았고, 바닥에 깔린 수초나 흙 속에서 숨거나 먹이를 찾기 적합하기 때문입니다. 또한 수온이 쉽게 따뜻해지고 햇볕을 쬘 수 있는 얕은 지역이 체온 조절에도 유리하여 그런 서식지를 선택하는 경향이 강합니다.
남생이는 비교적 깨끗한 수질의 환경을 선호하는 편입니다. 그래서 흐르는 물은 고여있는 물보다 용존 산소량이 풍부하고 오염 물질이 적은 곳이 남생이의 서식에 적합하기 때문에 그런 환경에서 많이 발견되는 것이죠.
또한 남생이는 너무 깊은 물보다는 얕은 물을 선호합니다. 얕은 물은 남생이가 햇볕을 쬐거나 먹이를 찾는 것이 쉽고, 육지와 물을 오가는 남생이의 생활 방식에 적합한 환경입니다. 즉, 남생이는 물뿐만 아니라 육지 환경도 필요로 하기 때문에 얕은 개울 주변의 풀밭이나 흙은 남생이가 휴식을 취하거나 산란하기에 적합한 환경이 되는 것입니다.