안녕하세요. 황호균 세무사입니다.
회사에서는 12월31일 근무자에 대하여 연말정산 신고를 의무적으로 진행하여야 합니다.
따라서 질문자님께서 12월31일에 근무하였다면 연말정산은 진행되었을 것입니다.
자료가 미비하여 소득공제, 세액공제가 제대로 반영되지 못하여 납부할 세액보다 더 많은 금액을 납부하였을 뿐
연말정산은 정상적으로 진행되었을 것입니다.
본래 납부하여야 할 세액보다 더 많은 세금을 납부하였으므로 별도 문제는 발생하지 않을 것입니다.
(다만, 연말정산 신고자체를 진행하지 않은 경우 미납금액에 대한 가산세, 지급명세서 가산세가 부과될 수 있습니다.)