연말정산에 등록되어 있는 총 급여와 사내에 있는 총 급여가 금액이 다른데 어떻게 하죠?

회사 내에서 연말정산을 하는데 본사에서 알려준 원천징수에 나온 총 금액이랑 회사 내에서 지급해준 총 급여명세서와 금액이 다른데 이럴경우엔 어떻게 해야하나요?? 둘 다 세전 금액이 차이가 납니다. 60만원가량을 토해내야하는데 실제 총 급여가 원천징수에 나와있는 금액보다 50만원정도 적습니다.

이런 경우엔 종합소득세 신고기간때 돌려받을수 있는건가요??