안녕하세요. 질의에 대한 답변입니다.
과세기간 중에 퇴사와 재입사가 있는 경우 전근무지 소득과 현근무지 소득을 합산하여 연말정산을 하는 것입니다. 한편, 소득세법은 과세표준 구간별로 누진적으로 세율을 규정하고 있습니다(아래).
아마도 합산하지 않고 각 근무지별로 소득을 계산하고 공제를 적용하였기 때문으로 보이는 데 이는 과세표준이 적어 낮은 세율이 적용되었고, 공제도 이중으로 적용한 결과 각각 계산시에는 환급이 발생하고, 합산시에는 납부세액이 발생한 것으로 보입니다.