마녀사냥을 한 종교는 카톨릭이고 대부분은 종교적으로 자유로운 편이었던 국가에서는 발생이 적었고, 미개발지역이나 변두리에서 좀더 광신적으로 되어 마녀사냥이 자행되었습니다.
르네상스의 주역이었던 피렌체나 베네치아 특히 베네치아에서는 종교적으로 관대해서 이단이라고 불리는 성직자들이 많이 피신을 했습니다. 후에 카톨릭정화운동을 주장한 프란시스코파도 초기엔 이단으로 불려서 많은 박해를 받았지만, 지금의 카톨릭이 존재할 수 있도록 종교적개혁이 이루어져 지금의 카톡릭의 위상을 받습니다.