발효는 미생물이 산소 없이 포도당을 분해하여 에너지를 얻는 대사과정을 의미합니다. 하지만 모든 발효가 혐기성 균에 의하여 발생하는 것은 아닙니다. 부패는 단백질이나 지방 등의 물질이 미생물에 의해 분해되는 과정을 말합니다. 부패가 시작되면 암모니아 아민 유기산이 생성되며 악취가 나는 가스를 발생시킨다.
발효와 부패를 일으키는 균도 차이가 있지만, 결국 발효와 부패는 미생물이 물질을 변질시킨다는 점에서 동일한데, 인간에게 유익한 물질이 생성되는지 해로운 물질이 생성되는지에 따라 구분된다고 할 수 있습니다.