중세시대 마녀 사냥이 극심한 시기에 이를 반대하거나 비판하는 많지는 않았습니다. 그러나 일부에서 마녀 사냥에 대해 비판적 태도를 보인 사람들도 있었습니다. 대표적으로는 의사 요한 바이어는 마녀 사냥에 적극 반대하며 마녀로 몰린 이들은 실제로 정신질환자일 수 있다고 주장했습니다. 그는 마녀 사냥의 비합리성 잔혹함을 비판하는 저서를 남기기도 했습니다. 또한 예수 신부 등 일부 성직자들도 마녀 사냥에 반대하는 입장을 취하기도 했습니다. 실제로 이들은 마녀 사냥을 반대하다가 마녀로 몰려 탄압을 받기도 했습니다.
그외 신학자, 의사, 변호사 등 일부 지식이들이 반대 의사를 보였지만 대규모 반대 운동으로 발전하지 못했습니다.