12.31까지 재직하고 12.31부로 퇴사처리면 회사에서 연말정산 해줘야하는게 아닐까요?

회사 운영사가 바뀌면서 25년 12월 31일까지 A회사에서 있다가 26년 1월 1일부로 B회사로 바뀌었습니다. A회사에 12.31자로 24명이 재직하고 퇴사한걸로 되어있는데 A회사에서는 기본공제만 넣고 연말정산해주고 B회사는 25년 귀속분 근로는 해당사항없다고 5월에 종합소득세신고하라고하는데 원칙은 12.31자로 재직중이었으니깐 A회사에서 연말정산 공제들 다 넣어서 해줘야하는거아닌가요? 근로자들의 생계문제로 반발이 심해서... 대표로 문의 남깁니다. 1) A회사에서 해줘야한다면 그에 맞는 법령 근거와 2)지급명세서 제출 불성실 가산세 1%를 매겨야하는거 아닌지 알려주시기 부탁드립니다. 3)또한 5월에 다들 개인적으로 종합소득세 신고를 해야한다면 A회사에서 하지않아도 된다는 근거규정이 있을까요?