홍세균과 일반적인 남세균은 광합성에서 사용하는 전자공여체와 흡광도, 광계 등에서 차이가 있습니다. 홍세균은 황화수소 분자를 전자공여체로 사용하며 870nm의 빛을 이용하여 광합성을 합니다. 이 때, 전자가 전자전달계를 이동하는 데 충분한 힘이 없는 것 같지만, 홍세균은 미세조절 작용을 하는 보조 단백질을 이용하여 광합성을 진행합니다. 또한, 홍세균은 광합성을 위한 빛 흡수를 최적화하기 위해 세포 내부에서 빛의 반사율을 조절하는 기작을 가지고 있습니다.