소현세자의 공식적의 사망 원인은 학질(말라리아)로 인한 것으로 기록되어 있습니다. 그러나 독살설이 꾸준히 독살설이 제기되고 있습니다. 실제로 시신 상태가 온몸 전체가 검고 이목구비에서 선혈이 흘렀다는 기록이 있기 때문입니다.
독살설의 제기 배경은 우선 소현세자가 청나라에 머무르는 동안 청과 관계를 개선하려고 했으나 인조는 이를 친청적 태도로 인식하여 못마땅하게 여겼습니다.
또한 청이 소현세자를 왕위에 세울 가능성이 있다는 소문은 인조에게 위협을 주었기 때문입니다.