제가 현업에서 습득한 지식으로는 과세 제도가 마련된다고 하더라도 소급 적용은 되지 않는 것으로 알고 있습니다. 따라서 과세 제도 마련 전에 거래한 내역에 대해 세금을 내야 하는 일은 없을 것이라고 생각합니다.
다만 말씀하신 것처럼 과세 제도 전에 매수해 놓은 암호화폐에 세금을 부과할 때 해당 암호화폐가 가격이 올랐을 수도 있고 떨어졌을 수도 있기 때문에 기준가를 책정하는 것이 모호할 수 있다고 생각합니다.
하지만 이 부분의 경우 어떤 명목으로 과세가 될 것인지 어떤 방법으로 과세를 할 것인지 과세 방안이 정확하게 나와봐야 알 수 있는 부분으로, 만약 과세를 할 때 거래가 발생할 때에 한해서만 '거래 수수료+세금'을 내는 경우라면 해당 거래 가격을 기준으로 산정될 가능성이 높아보입니다.
답변이 도움이 되길 바라며 이 부분에 대해서 세금 카테고리의 전문가 분들께 질문을 한 번 더 해 보시는 것을 추천드립니다.