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보관 및 진열 과정에서 먼지가 쌓이기 때문이다. 휴지로 닦아보면 까맣게 묻어나오기도 한다. 진열할 때 사람 손에 묻어있던 세균이 옮겨갔을 가능성 역시 배제할 수 없다. 실제로 과거 캔 음료의 입에 닿는 부분을 검사했더니 황색포도상구균과 용혈성바실러스균이 검출됐다는 국내 연구 결과가 발표되기도 했다. 두 세균은 식중독을 유발하는 기회감염균이다.
알루미늄 캔이 쥐 오줌에 노출됐을 가능성도 있다. 유통 과정에서 쥐가 서식할 수 있는 창고 등에 보관되기 때문이다. 사람이 쥐의 배설물에 노출되면 렙토스피라증에 걸릴 수 있다. 주로 쥐를 숙주로 삼는 렙토피라스균의 체내 잠복기는 10일 정도로 갑작스러운 발열, 오한, 두통, 구토 등을 유발할 수 있다. 제때 치료받지 않으면 간이나 콩팥 손상, 뇌막염 등으로 이어지기도 한다. 실제 해외에서 렙토스피라증 감염 사례를 분석했더니 입대고 마신 캔 음료가 원인으로 지목된 바 있다.
캔에 묻은 각종 오염물질은 흐르는 물에 잠시 헹궈주기만 해도 쉽게 제거된다. 휴지나 물티슈 등으로 닦아내면 먼지는 제거할 수 있지만 세균을 완벽히 없애기란 어렵다. 이럴 땐 빨대를 쓰는 것도 방법이다.