잘못 발행된 세금계산서 처리 방법 알려주세요

저희 회사로 공급가액 0원에 영세율 세금계산서가 발행됫는데

수정세금계산서를 발급해 달라 연락햇는데 발행을 안해주셔서

어떻게 처리해야 하나요??

회계프로그램에 따로 등록을 안해도 상관없을까요??

또한 부가세 신고할때 매수가 차이가 나는데 어떻게 신고하나요??

제외분? 으로 신고하면 된다는데 제외분으로 어떻게 처리하나요??