원푸드 다이어트는 대부분 섭취 열량이 상당히 적어서 운동을 병행하기가 쉽지 않아서 지방 뿐만 아니라 근육이 많이 줄게 되면서 기초대사량이 급격히 떨어지게 된다. 이렇게 기초대사량이 줄어있는 상황에서는 식사량이 조금만 늘어도 금방 다시 체중이 느는 요요현상이 발생하기가 쉬워진다. 원푸드 다이어트를 평생 지속할 수 있으면 모를까, 체중이 준 이후 정상적인 식사를 하게 되면 급격하게 요요가 올 가능성이 높아진다는 뜻이다.
원푸드 다이어트의 또 하나의 맹점은 특정한 음식의 섭취를 강조하다보니 영양학적으로 불균형이 초래 될 가능성이 높다는 점이다. 아무리 좋은 식품도 그 한가지의 식품만으로 몸에 필요한 모든 영양소를 골고루 갖추고 있기는 어려운 법이다.
