사실 칼리코테리움은 독특한 외형 때문에 현생 동물과 직접적으로 연결하기 어렵습니다.
다만, 분류학적으로는 기제목에 속하는 포유류입니다. 그리고 기제목에는 현재 살아있는 동물들 중 말이나 코뿔소, 맥 등이 포함됩니다. 따라서 칼리코테리움은 이들 동물과 같은 목에 속하며, 이들과 가장 가까운 유연관계를 가진다고 볼 수 있습니다.
특히, 많은 연구에서는 칼리코테리움이 말보다는 맥이나 코뿔소와 더 가까운 관계를 가졌을 것으로 추정하고 있습니다. 비록 앞발의 특이한 형태나 보행 방식 때문에 고릴라나 땅늘보와 유사해 보이지만, 이는 수렴 진화의 결과일 뿐 유전적 유연관계는 아니라는 것이죠.
결론적으로 칼리코테리움은 외형적으로는 매우 독특하고 다른 동물들의 특징을 섞어 놓은 듯하지만, 계통분류학적으로는 말, 코뿔소, 맥을 포함하는 기제목 동물군에 속하며, 그중에서도 특히 맥과 코뿔소에 더 가까웠던 고대 동물이라고 할 수 있습니다.