소득에 퇴직금이 포함되어있을땐 어떻게 해야하나요?

알바를 하는데 회사에서 3.3%세금만 공제하는 프리랜서로 등록을 해놔서 종합소득세(D유형 간편장부 대상자) 신고를 하게 됐는데요, 말로만 프리랜서지 출퇴근 시간이나 근무장소 같은게 다 정해져있고 혼자서 일할 수 없는 구조였기때문에 회사도 저를 근로자로 인정하고 퇴직금도 지급할거라고 해서 저도 신경을 안썼는데 작년에 퇴사하게 되면서 받은 퇴직금이 작년 제 소득으로 나와있더라구요.

퇴직소득은 별도로 과세된다고 하는데 홈택스에서 지급명세서를 보니까 합산되어 나와있었어요.

이럴땐 어떻게 해야하나요?