과학고는 과학, 수학 등의 분야에서 높은 전문성을 갖춘 인재를 양성하는 것을 목적으로 합니다. 과학교육을 강화하고, 교육과 연구, 창의적인 경쟁을 통해 과학분야 석·박사급의 과학기술인을 육성하는 것이 주요 목표입니다.
반면 영재고는 인문, 사회, 예술 등 다양한 분야에서 인재를 양성하고, 다양한 활동을 통해 창의력과 리더십을 길러주는 것이 주요 목표입니다. 기초교육 뿐 아니라 윤리교육, 글로벌 리더십 교육 등도 강화하여 다양한 인재를 양성합니다. 최근에는 다양한 전공 분야의 지원을 받아 더욱 폭넓은 교육을 제공하는 곳도 많아지고 있습니다.
따라서, 과학고와 영재고는 대표적으로 과학과 인문사회분야로 구분되는 것으로 보이며 이외에도 지역, 교육 방향 등에 따라 다양한 차이점이 있을 수 있습니다.