증여세는 증여받는자를 기준으로 계산하므로 아파트를 증여하시는 경우 귀하가 증여세 납세의무자가 되고 5천만원을 증여하시는 경우 아버님이 증여세 납세의무자가 됩니다. 즉 양쪽 다 증여세가 발생하게 됩니다.
구체적인 사실관계는 확인하기 어려우나 아버님이 아파트에 대해 담보대출을 받고 이를 귀하에게 증여하는 경우 특별한 문제는 없습니다. 다만 이 경우 아버님은 채무액에 대해 양도세를 계산하여 납부하셔야 하고 귀하는 (아파트가액 - 채무액)에 대하여 증여세를 납부하시면 되겠습니다.