구내염의 치료에는 구강 병변으로 인한 통증 및 자극을 줄이기 위해 진통제와 항히스타민제를 사용할 수 있습니다. 또한 자가 면역에 의한 증상 악화를 조절하기 위해 국소 또는 전신적인 스테로이드와 면역 억제제가 사용될 수 있습니다. 구강 헤르페스나 칸디다증과 같은 감염성 질환의 경우 항바이러스제와 항진균제가 도움이 될 수 있습니다. 구강 작열감 증후군과 같이 표준 치료에 반응이 없는 경우, 항우울제를 구강내에서 가글이나 복용하는 것이 증상을 줄이는 데 도움이 될 수 있습니다. 특히 심한 구강 통증의 경우, 마취제(리도카인)를 사용한 가글이 효과적인 대증 치료법으로 사용될 수 있습니다.