새마을금고는 철저한 점조직으로 새마을금고의 지점의 파산은 중앙회와는 연관이 없습니다. 그리고 중앙회는 지점의 수익금을 받는 형식이다 보니 파산이 날 가능성이 제로에 가깝다고 볼 수 있습니다. 하지만 만약에 중앙회가 부실화가 되어서 파산하더라도 새마을금고 지점은 개별적으로 운영이 되기에 같이 부도가 나지는 않습니다.
새마을금고는 일반 은행과는 다른 협동조합입니다. 새마을금고의 본사가 부도가 나면 각 지점도 같이 부도가 날 수 있습니다. 하지만 새마을금고 중앙회에서 예금자 보호를 합니다. 예금자보호제도는 고객 1인당 5천만원까지 (원금과 소정의 이자)를 지급합니다. 또한 새마을금고가 부도나기 전에 다른 새마을금고가 흡수합병을 하고 예금대출채권 등을 모두 흡수한다고 합니다.