평소 태평양에서는 적도를 따라 동쪽에서 서쪽으로 바람이 부는데 이것을 무역풍이라고 합니다. 무역풍은 남아메리카의 따뜻한 바닷물을 아시아쪽으로 이동시키는 역할도 합니다. 따뜻한 바닷물이 서쪽으로 쓸려가면 이 자리를 메우기 위해 바다 깊숙한 곳으로부터 찬 해수가 올라오게 되는데 이것을 용승(upwelling)현상이라고 합니다.
엘리뇨는 평소와 다르게 무역풍이 약하게 불거나 오히려 반대 방향으로 바람이 불게 되어 태평양 동쪽의 해수 온도가 높은 상태로 유지될 때 발생합니다.