연말정산 할 때 기본연봉으로 계산 할 때와 야근수당으로 받은 총액으로 계산할 때... 차이가 있을까요??

예를 들어 기본 연봉이 4000 일 때와....

연봉이 3000이고 야근수당으로 1000을 벌어서 4000 일 경우에

연말정산을 할 경우 차이가 있을까요?? 후자일 경우 세금을 더 내야 하는 건가요??