근로의 댓가로 받는 임금을 원천징수 3.3%공제로 받는것과 일반적인 급여공제와 차이?

직장인으로 4대보험과 세금공제를 하는 것과 지역가입자(소유부동산없음)로 건강보험ㆍ국민연금등을 직접 납입하는 경우 개인에겐 어떤차이가 있을까요?