연구수당 비과세 처리할 때 기본급 및 수당이 변경되는 경우

회사 부설연구소 연구원으로 등록되어 급여에서 연구수당 20만원을 비과세 처리한다고 합니다.

이번달부터 급여 총금액은 변동이 없으나 기본급 및 수당등 변경될 예정이라는 통보를 받았습니다.

인터넷에 찾아보니 비과세 처리는 본인에게 나쁘지 않은데, 기본급 및 수당등을 변경하는 이유가 무엇인가요?