조개는 껍데기를 만드는데 탄산칼슘과 약간의 단백질을 이용합니다. 진주 역시 탄산칼슘으로 이루어져있기 때문에 대부분의 조개는 진주를 만들 수 있습니다. 다만 모양과 색깔이 중요하며 자연산 조개의 진주만이 가치가 뛰어나기에 효용성이 높지 대부분의 진주는 가치가 없다고 볼 수 있습니다. 진주를 만드는 과정은 우리 몸에 비교하면 눈물과 이물질이 만나 눈곱을 만드는 것과 비슷하고 코물과 이물질을 만나는 것과 비슷합니다. 즉 외부의 기생충 자극이나 이물질이 자극이 발생하면 자신을 보호하기 위해 껍데기를 만들 때 사용하는 탄산칼슘을 이용해서 진주를 만듭니다. 하지만 크기 생깔 희귀성에 따라 가격이 달라지므로 모든 진주는 보석이라고 할 수 없습니다. 진주는 일종의 자신을 보호하다가 만들어진 부산물입니다.
진주가 생성되는 원리는 다음과 같습니다. 조개가 외부의 물질을 삼키거나 할 때 이물질이 들어오는 경우가 있습니다. 이 때 조개 내에서 이물질을 따로 분리하기 위해 탄산칼슘으로 감싸는 과정이 일어납니다. 이 탄산칼슘이 층층히 쌓이면서 하나의 진주가 됩니다. 하지만, 이러한 과정에서 우리가 잘 알고 있는 예쁜 진주모양이 나올 수 도 있지만, 예쁘지 않고 불규칙적인 모양이 나올수도 있습니다.
조개 내부에 이물질이 들어오거나 기생충의 공격을 받고 밖으로 토해내지 못하면 조개가 방어반응의 하나로 껍질의 재료가 되는 탄산칼슘을 이용해 이물질 또는 개생충의 주위를 감싸기 시작합니다. 이러한 조개의 방어반응이 계속되면 탄산칼슘이 겹겹이 쌓여서 점점 커지고 둥글게 되어 우리가 진주라고 부르는 보석 덩어리가 됩니다.