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올리고당은 장내 유산균의 먹이가 되어 장 건강에 도움이 되며, 소화효소에 의해 분해되지 않고 장까지 살아서 도달합니다. 이에 따라, 장내 유산균의 증식을 도와 환경을 개선하며, 배변 활동과 면역력 향상에 기여합니다.
올리고당은 설탕 대신 사용하기 좋은데, 단맛이 비슷하면서 칼로리가 낮고 혈당지수가 낮아 당뇨병 환자에게도 적합합니다. 반면, 물엿은 장내 유산균의 먹이가 되지 않아 올리고당에 비해 장 건강에 미치는 영향이 적습니다. 따라서, 장 건강에 주안점을 둔다면 올리고당을 선호하는 것이 좋습니다.