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복어의 독은 주로 티트라독신(Tetrodotoxin)이라는 강력한 독소에 기인합니다. 이 독소는 주로 복어의 간, 난자, 피부, 그리고 일부 근육에 존재합니다. 티트라독신은 나트륨 채널을 차단하여 신경 전달을 방해하고 근육의 수축을 막아 중추신경계와 근육 간의 연결을 차단합니다.
양식 복어는 특정한 환경에서 특별한 사료로 길러져 복어의 독소를 가지지 않도록 조절됩니다. 이러한 관리로 양식 복어는 대부분의 경우 독이 없다고 알려져 있습니다. 하지만 자연산 복어는 독을 가질 수 있으며, 이는 주로 복어가 먹이 사슬을 통해 독소를 취득하거나 생태적인 이유로 독을 발달시키는 경우가 있습니다.