중도퇴사자 급여 원천세 신고, 이럴 경우 어떻게 들어가는 게 맞을까요?

근로자 한 분이 24년 3월에 일하시다가 다치셔서 쉬게 되셨습니다.

예를 들어 20일부터 쉬었다고 치면, 20일부터 31일까지를 모두 유급 연차로 처리해서 1달 급여를 지급했습니다.

이 분이 급여 받으신 이후, 다음달인 4월 1일에 퇴사하겠다 하셔서 그 일자로 퇴사처리 했습니다.

이 분이 급여 받으시고 퇴사 의사를 밝히자, 회사에서는 기존에 유급휴가로 처리했던 급여만큼을 퇴사 후 전부 무급으로 처리했습니다.

그래서 유급휴가 급여분만큼 차액이 생겼는데, 이 금ㅈ액을 500,000 원이라고 한다 치면 퇴직금 정산할 때 500,000 원 만큼을 퇴직금에서 공제했습니다.

당시 원천세 신고할 때는 이 500,000 원을 총지급액에서 빼고 신고했습니다.

상반기 근로소득간이지급명세서도 원천세 신고서랑 금액 맞춘다고 500,000 원을 제외하고 신고했습니다.

당시 급여대장에만 500,000 원을 기타수당으로 지급했다고 쓰여있고요.

지금은 중도퇴사자분들도 연말정산에 포함시키려고 합니다.

일단은 이분의 급여대장 상 총지급액(500,000 원 포함)을 근로소득 원천징수영수증에도 그대로 반영하고, 연말정산 원천세 신고서에도 동일하게 넣어놨습니다.

하지만 이대로 신고하면 상반기 원천세 신고서 및 근로소득간이지급명세서와 연말정산 신고분의 금액이 안 맞아서 문제가 될 것 같습니다...

그래서 500,000 원을 급여대장 및 다른 연말정산 서류들에서 뺀 후에 신고하는 게 맞나 싶습니다.

어떻게 신고하는 게 맞을까요?