부가세 신고에서 사업자신용카드 내역에서 선택 불공제건은 수정을 안해도 괜찮은가요?

부가세 신고서를 확인 하던 중, 그 밖의 공제매입세액이 회사에서 관리하는 파일의 숫자와 맞지 않아 보니 홈택스에 '신용카드 공제 내역'에 '선택 불공제'건으로 분류되어있어서 그렇더라구요.

그래서 세무사님께 말씀드렸더니 수정된 신고서를 보내주셨는데요.

거기에는 공제가 추가 된 금액이 써있는데, 홈택스에서 신용카드 공제 내역을 보니 여전히

선택 불공제 내역으로 되어있더라구요..

확정 신고서에서만 숫자를 바꾸어도 괜찮은건가요?

말씀을 드려야하는 건인지 아닌지 몰라서 문의 남겨봅니다...