역류성 식도염과 기능성 소화장애로 약을 복용중인 상황이시고, 커피를 섭취하신 뒤 속쓰림과 메스꺼움이 악화되어 걱정스러우시지요. 말씀하신대로 커피의 카페인은 위산 분비를 자극하여 역류성 식도염이나 위염을 악화시킬 수 있고, 위장관의 운동을 자극하므로 다른 소화기질환에도 영향을 줄 수 있습니다. 따라서 커피를 마신 뒤 불편한 증상을 경험하셨다면 카페인의 영향이라 추정할 수 있겠으며, 이러한 영향이 반복될 것으로 예상되니 질환이 나아지기 전까지 가급적이면 커피를 멀리하시는게 안전합니다. 꼭 커피를 드셔야 한다면 디카페인 커피를 시도해보시기 바랍니다.
저의 답변이 부족하겠지만 조금이나마 도움이 되셨길 바랍니다. (본 답변은 진료를 대신할 수 없습니다.)